菲律宾属季风型热带雨林气候，高温、多雨、湿度大、台风多。年平均气温约27℃，年平均降水量大部分地区在2000-3000毫米之间。群岛西部有旱季（11-次年4月）和雨季（5-10月）之分，东部海岸终年有雨，并以冬雨最多。

南部地区也终年多雨，无明显旱、雨季之分。东部的太平洋面是台风发源地，每年6-11月多台风。

菲律宾境内河流均较短小。吕宋岛最大河流卡加延河，长350千米；棉兰老岛以棉兰老河和阿古桑河较大。